上级党委可以指派党支部副书记吗？

可以。

《中国共产党支部工作条例（试行）》第二十一条规定，党支部书记、副书记、委员出现空缺，应当及时进行补选。确有必要时，上级党组织可以指派党支部书记或者副书记。